Primera Temporada
Cuando el Arca parte de Cybertron hacia un destino desconocido, en medio de un camino de asteroides los Decepticons los atacan, el arca indefensa es abordada por los Decepticons y los Autobotssin muchas opciones empiezan una batalla con los Decepticons dentro de su nave, luego el arca con los decepticons y Autobots a bordo se estrella contra un volcán inactivo en Mt. St. Hillary en el estado de Oregon en el país de los Estados Unidos de América, cayendo ambos bandos en un extásis de 4 millones de años. En 1984, luego de la erupción del volcán, se reactiva la computadora principal de la nave, Teletran 1, que con suficiente energía manda una sonda de baja altitud y empieza a scannear los vehículos de la tecnología primitiva Humana, tales como Jeeps, Camiones, Pistolas, Aviones, etc. Teletran 1 por tener poca energía solo repara al robot más cercano quien desafortunadamente es un Decepticon llamado Skywarp, quien luego hace que la computadora solo repare a los Decepticons, Megatron al ver que sus enemigos parecen estar eliminados los deja y se dispone a reunir suficiente energía para conquistar Cybertrón, mientras salen de la nave Starscream por error hace que Teletran 1 repare un Autobot, afortundamente fue Optimus Prime, y luego al resto de los Autobots, Optimus prime sale de la nave dispuesto a destruir a los Decepticons durante esto conoce a la raza dominante del planeta, los Humanos. Megatron junto con sus Decepticons organizan una escalada de ataques contra muchas instalaciones ricas en enegria de los humanos, mientras los Autobots hacen lo posible para detenerlos, Megatron una vez satisfecho con cierta cantidad de Energon, logra construir un nuevo crucero espacial, esta nave es destruida por el Autobot Mirage y se estrella en el océano pacífico, donde servirá de base por muchos años a los decepticons. Con los Decepticons atrapados en la Tierra junto a los Autobots estos continúan su búsqueda por más energía, a la vez Megatron logra construir un puente espacial con Cybertrón, para así enviar toda la energía que obtiene directamente hacia Cybertrón, los Autobots a pesar de sus más grandes esfuerzos aunque pueden mantener al margen a los Decepticons, no pueden detener el constante envío de energía de los Decepticons hacia Cybertron. Para ello Wheeljack, el mayor científico Autobot consigue rescatar guerreros Autobots como Skyfire y junto con Ratchet reconstruir a los legandarios Dinobots Grimlock, Sludge, Slag, Snarl y Swoop. Megatron por su parte logra contactar a los codiciosos Insecticons y a los malignos Constructicons, los mayores constructores de toda Cybertron, En la tierra, sus máximos representantes Hook y Scrapper junto con Megatron orquestan y dirigen una serie de planes diabólicos que llevan al borde de la destrucción de los Autobots. Su primer plan en la tierra consistió en construir una máquina que transmite todos los poderes de los Decepticons a Megatron, este con sus nuevas habilidades consigue derrotar a Optimus Prime en un duelo, el perdedor debe irse del planeta Tierra, Optimus Prime pierde el duelo, pero descubren que fue una trampa de los Decepticons, así que junto con sus Autobots consiguen derrotar a los Decepticons y lanzarlos a un río de lava donde quizás serán destruidos.
Segunda Temporada
Megatron y sus Decepticons no fueron destruidos y una vez más han vuelto para continuar sus envíos de energías a Cybertron, a la vez consigue encontrar el Corazón de Cybertron que servía para propulsar su antigua nave, el Nemesis; armado con esta busca destruir a los Autobots, sin embargo la piedra es finalmente destruida por los Autobots Perceptor, Brawn y Bumblebee; sin embargo ese es solo una de las muchas oportunidades que consigue Megatron para lograr sus planes y además destruir a los Autobots, ya sea a través de aliados humanos como Sean Berger, construcción de bases militares, búsqueda de nuevos aliados como los Stunticons, los combaticons o los nuevos Seekers y Triplechangers.´
Shockwave en Cybertron a la vez ha descubierto que muchas veces han robado sus cubos de energía por un grupo de autobots hembras comandadas por Elita One hasta que un día les pone una trampa y Optimus Prime es obligado a volver a Cybertron, tras miles de años separados. Elita One vuelve a ver a su amado Optimus Prime, pero se ven obligados a separarse nuevamente debido a la guerra y a los ejércitos que cada uno debe comandar tanto en la Tierra como en Cybertron. Alpha Trion, para ayudar a la causa Autobot, es absorbido por Vector Sigma para servirle de llave a Optimus Prime y así crear a los Aerialbots; a la vez Optimus llama nuevas tropas como lo son Hoist, Tracks, Perceptor, Powerglide, los Protectobots entre otros. A pesar de los esfuerzos de los Autobots la batalla se encuentra muy pareja y aún está muy lejos su final.
Transformers: la película
En el año 2005, los Decepticons han conquistado todo Cybertron. Pero los Autobots tienen bases ocultas en las dos lunas de Cybertron, y también han construido a Metroplex, la Ciudad Autobot en la Tierra. Para impedir una ofensiva Autobot, los Decepticons atacan a "Autobot City", y tiene lugar una enorme batalla que termina con la destrucción de Optimus Prime y Megatron. Antes de morir, Optimus Prime traspasa la Matriz del Liderazgo Autobot a Ultra Magnus. Después, los Decepticons en retirada, por idea de Starscream, lanzan a sus compañeros caídos a la deriva en el espacio para ahorrar combustible. Unicron encuentra a Megatron, lo reforma en Galvatron, y lo envía a destruir la Matriz. También crea a Cyclonus, Scourge y los Sweeps. Galvatron va a "Autobot City" para matar a Ultra Magnus y conseguir la Matriz, pero los Autobots escapan. Los Dinobots, Kup, y Hot Rod se estrellan sobre Quintessa. Kup y Hod Rod son capturados y juzgados, pero los Dinobots y un nuevo amigo llamado Wheelie los rescatan. Los Decepticons siguen a Ultra Magnus hasta el planeta Junk. Galvatron ataca y consigue la Matriz, y entonces los Autobots pelean con los Junkions y Wreck-Gar. Pronto aparecen Hot Rod y los Dinobots, aplacan a los Junkions, y todos se van a pelear contra Unicron. Los Autobots atacan Unicron, quien finalmente ha conseguido llegar hasta Cybertron para comérselo, y después, la mayoría de los personajes principales son tragados. El hijo de Spike, Daniel, rescata su padre y a los Autobots que fueron comidos anteriormente. Hot Rod pelea con Galvatron, y cuando consigue recuperar la Matriz, se transforma en Rodimus Prime, y con la Matriz destruye a Unicron y salva Cybertron.
Tercera Temporada
Después de los sucesos de la película, Scourge y Cyclonus van en busca de Galvatron y fundan una nueva Base en el planeta Char, mientras los Quintesson deciden tratar de recuperar de nuevo su planeta. durante estas batallas, los Construticons construyen a Tripticon un rival muy fuerte para Metroplex, este incluso logra atacar a la base Autobot del arca. Bumblebee, Powerglides y otros autobots intentan detenerlo pero fallan y la milenaria base del Arca es Destruida, mientras otros gestalts tales como los Technobots, Terrorcons, etc, son introducidos. Cryptas en honor a los Decepticons y Autobots muertos son construidas, la chispa de Starscream vuelve y posee el cuerpo de Cyclonus, y obtiene el mando Decepticon junto con Octane después de enviar a Galvatron hacia una emboscada Autobot, este sin embargo logra escapar y elmina a Cyclonus, este queda vivo y la chispa de Starscream abandona el cuerpo de Cyclonus, pero este se apodera del cuerpo de Scourge activando la cabeza de Unicron y realizando un pacto con el mismo, Galvatron descubre esto y lucha contra a Starscream, los Autobots pudieron impedir que Starscream conectara la cabeza de Unicron en Cybertron y es de vuelta a la atmósfera, la cripta de los Autobots es encontrada y se descubre que Optimus Prime aparentemente no había sido completamente destruido. Luego de que la cripta se estrellara, Optimus Prime escapa y manda a todas las flotas Autobots a realizar un ataque contra los Quientesson, pero luego Rodimus descubre que todo era una trampa de los Quientesson quienes reconstruyeron a Optimus Prime, muchas batallas después unos cienticos Humanos desarrollaban un nuevo metal muy fuerte cuando de pronto descubren una especie de virus que todo lo que toca lo pone en un estado berzerk, pero también descubren el cuerpo de Optimus Prime, los Decepticons y los Protectobots empiezan una batalla en el mismo laboratorio provoncando grandes daños, despertando un sentimiento de venganza en ellos, hacen que los Autobots vayan a buscar el cuerpo de Optimus Prime, cuando llegan son emboscados y muchos Autobots son infestados con el virus Afortunadamente Rodimus escapa con el cuerpo de Prime, Muchos transformers y humanos son infectados rápidamente porque apenas un infestado toca a otra persona automáticamente se infesta. Rodimus manda a Skylinx buscar un quientesson para reparar a Optimus Prime, mientras pasa eso Rodimus queda infectado con el virus, Cuando el Quientesson revive a Prime, también revive a Blurr, Kup y recontruye a Bumblebee como Goldbug, Optimus Prime se entera de que Rodimus tiene la matrix, con la matrix es la única forma de salvar a Cyberton y todala Galaxia, la única forma de poder sacarle a Rodimus es con el metal que los Humanos desarrollaron, pero estaba en una base decepticon, luego se alían con Galvatron y buscan el Metal, Optimus se baña con el metal y logra extraer a Rodimus la Matrix, abriéndola y salvando a todos los transformers y Humanos. Después Optimus Prime recobra el mando, logrando una momentánea paz con sus antiguos enemigos Desepticon.
Cuarta Temporada: Los tres episodios Finales
Vector Sigma permite que Galvatron se entere de la "Llave de la Cámara de energía plasma". Galvatron, pensando en una nueva fuente de energía, ataca la Ciudad Autobot en la Tierra para conseguir la Llave. Él entonces viaja a Cybertron, e inserta la Llave. Los Autobots lo siguen hasta Cybertron y están presentes cuando la Llave activa la Cámara. La extraña energía cortocircuita varios Transformers y una nave espacial, enviando a su tripulación en un vuelo fuera de control. Solamente Spike y Daniel, criaturas orgánicas, no son afectados por la energía.
Optimus Prime usa la Matriz del Liderazgo para comunicarse con Vector Sigma, y descubre que Alpha Trion es ahora parte de Vector Sigma. Vector Sigma ha permitido a Galvatron descubrir la Llave por una razón. Vector Sigma aparentemente tiene poderes clarividentes, ya que conoce que los humanos podrían ser un instrumento para recargar Cybertron en una nueva Edad Dorada. La Cámara de energía plasma afecta a todos los seres que usan energía.
La nave aterriza en un planeta llamado Nebulos. Sus habitantes son humanoides divididos en dos castas. Algunos son personas que conocen la "Tecnokinesis", controlando maquinaria con solo la mente. Unos pocos de ellos son cyborgs, con sus cerebros alojados cuerpos de robot en apenas adecuados. El resto de habitantes de Nebulos está sujeto a los "Hive", como los tecnokineticos se llaman a sí mismos. La llegada de los Autobots y Decepticons cambia la balanza de poder en Nebulos. Daniel es atacado y en una condición critica, forzando a Spike a usar los Autobots para crear a los Headmasters, Transformers con operadores humanoides secundarios. Varios Nebulanos se convierten en Headmasters, y entonces los Targetmasters, socios binarios. Los Decepticons, con la ayuda de los señores Hive, copia los esfuerzos de Spike.
La batalla por la Llave continua. Optimus Prime llega, pero está indeciso acerca de las nuevas uniones. Los señores Hive transforman su ciudad en una fortaleza capaz de volar a velocidad súper luminosa, y toman a Daniel, Arcee, y a otros Autobots como rehenes. Entonces parten hacia Cybertron para dar a Galvatron la Llave. Spike descubre la vieja ciudad de los señores Hive, en la que vivieron antes de desarrollar sus poderes tecnokinéticos, y reforman la ciudad en una fortaleza Headmaster. Él entonces parte hacia Cybertron.
En el planeta de los Transformers, Galvatron está encolerizado ya que sus guerreros se han unido con operadores orgánicos, pero debe aceptarlos a ellos y su poder de fuego. Él ordena a los Decepticons construir motores masivos súper luminosos para llevar a Cybertron a la órbita de la Tierra, donde puede probar otra vez la Cámara de energía plasma. Los señores Hive luchan contra los restantes Autobots hasta que llegan Spike y Fortress Maximus. Galvatron trata de conseguir que Scorponok deje Cybertron, ya que ha colocado la Llave en la Cámara con un reloj de cuenta atrás. Spike, con el control total de Fortress Maximus, toma las cosas con sus propias manos y rescata a su hijo y los Autobots del interior de Scorponok.
La Cámara se activa, enviando energía plasma a través del Sistema Solar y haciendo que el Sol empiece a convertirse en una supernova. Spike hace que los Nebulanos se deshagan de sus trajes Headmaster y cambien los cohetes súper luminosos para que absorban la energía, con un conducto a Vector Sigma. Vector Sigma drena la energía extra del Sol mientras Spike cierra la Cámara. Vector Sigma usa la energía para regenerar Cybertron en una nueva Edad Dorada. Galvatron y los señores Hive son expulsados de Cybertron hacia el espacio interestelar. Fin de la Cuarta Guerra Cybertroniana.
